Internet Explorer6 e' parte integrante di windows, eliminandola possono verificarsi problemi di funzionamento del s.o (Quasi sicuramente).
Se utilizzi un altro browser tipo Chrome o Firefox o altri e' sufficiente flaggare come browser predefinito ed IE6 non ti apparira' piu', nel caso tu volessi aggiornare IE alle versioni successive e' necessario che la vecchia versione sia presente nel pc, permettendo alla nuova di identificarla affinche' si installi correttamente e di sovrascriverla, pena malfunzionamenti.
Per aggiornarlo alla versione 9 devi cmq fare i vari update intemedi ( 7 e 8) e anche (credo) le varie patch distribuite nel tempo da microsoft relative al s.o che stai utilizzando.
Spero di esserti stato di aiuto