Quello che posso consigliarti è di fare (se non l'hai già fatto) subito un bck immagine del disco fisso appena te lo permette su un altro disco fisicamente separato. così in ogni caso il contenuto è salvo (comprese tutte le impostazioni e i programmi se fai l'immagine del disco). Il tuo pc dovrebbe avere un utility apposta per creare il cosiddetto punto di ripristino e creare un'immagine del disco fisso.
Poi fai un defrag che male non gli fa. Il defrag ricompatta l'allocazione dei file sul disco in settori contigui.
Ma onestamente da quello che dici non mi sembra un problema di frammentazione: sembra che il tuo sistema operativo in alcuni casi non veda il disco. Ergo sembra un problema hw.
Ciao